Skip to menu

예후예측 점수 만든후 그것으로 survival 예측하는 데에 문제 겪고있습니다.

권혜미 2022.02.08 19:20 Views : 193

안녕하세요 교수님 

항상 많은 도움 주셔서 감사하고

 

특히 최근에 나온 autoReg package를 통해 손쉽게 publication ready 상태로 출력하게 해주셔서 정말 

정말 많은 도움 받았습니다. 또한  어려워서 R로 구현하지 못하고 있었던 Grey test도 가능하게 해주셔서 논문 작성에 많은 도움이 될꺼같습니다. 

 

 

 

제가 최근에 관심 있는건 예후 예측 점수 만들기 인데요. 사실 점수 만드는 거 자체는 cox를 이용하여 하였는데요, 

그 이후 이점수로 survival을 예측할때 필요한 값을 어떻게 추출해야하는지 모르겠습니다. 

 

공부해보니... 

The probability of death at time ‘‘t’’ can be estimated by the equation:

(여기서 CLIF-C ACLF 장소에 다른 예측점수를 넣으려고 하는데요) 

 

인데요, 여기에 적용하기 위해서는 

 

28day, 90day, 180day, 365day각각의 cumulated baseline hazard (CI(t) and the score coefficient(베타(t)가 필요하는데요, 

 

이 CI(t)와 베타 (t)를 어떻게 구해야할까요?

 

제가 구글링해서 떠듬떠듬 만든 코드는 다음과 같습니다. 

 

fit1<-coxph(Surv(SUD,Final_Pt)~new_score, data=abc)

fit1

 

#cumulated baseline hazard estimate

sv0<-survfit(fit1,newdata=data.frame(new_score=0))  <- 이게 맞을까요...?;;

summary(sv0)

 

#28-days

s28<-min(summary(sv0)$surv[summary(sv0)$time<=28]) <- 이게 맞을까요...?;;

s28

#baseline hazard maybe for 28-days is 

CL28<-1-s28

CL28

 
## beta for 28-days
fit28<-coxph(Surv(SUD28,Final_Pt28)~new_score, data=abc)
B28<-fit28$coefficients
 
 
CL28
B28
...
 
개인적 의견으로는 베타를 구하는 방식은 맞는거같은데요,,, cumulated baseline hazard estimate을 구하는 방법이 정말 저게 맞는지 궁금합니다..;
basehaz()이러한 기능도 흔히 쓴다고 하는데 그럼 각각 28day, 90day, 180day, 365day날짜에 맞는 cumulated baseline hazard estimate는 그결과에서 무엇을 봐야하는걸까요...?
 
항상 많은 도움주셔서 감사하고 
이번에도 미리 감사의 말씀 올립니다. 
 
 
 
 
I want to
List
No. Subject Author Date
1214 안녕하십니까 교수님 PSM 결과에 대해 궁금한 것이 있어 여쭤봅니다 [2] secret 김도훈 2023.06.29
1213 교수님 지난 번 문의 드렸던 PSM 재문의 드립니다. [3] secret 긍정적인마음가짐 2023.06.27
1212 안녕하세요 ^^ odds ratio 와 관련된 문의드리고자 합니다 ^^ [2] 성열 2023.06.26
1211 mytable() 함수에서 na처리와 pvalue 계산 문의드립니다. [1] hjk34 2023.06.23
1210 교수님 안녕하세요 ^^ web-R table 작성관련 문의드립니다. [2] file mkw7654 2023.06.21
1209 Methods for continuous variables과 P value corrected for multiple comparisons 방법 궁금합니다. [1] 호호셀 2023.06.19
1208 ordinal logistic regression analysis 문의 [1] 버블 2023.06.18
1207 e-mail 변경 문의 [1] secret kimdo 2023.06.16
1206 안녕하세요 number at risk 관련 문의 드립니다 [1] secret cebukim 2023.06.13
1205 Propensity matching score 에 대해 문의드립니다. [1] saga 2023.06.08
1204 콕스비례위험모델의 적용에 관련해서 질문 드립니다. [2] secret kng1032 2023.06.07
1203 기초통계 계산 [2] secret leesav 2023.06.07
1202 정회원 후원하였습니다. [2] secret toast 2023.06.04
1201 logistic regression analysis 가 에러가 뜹니다. [1] secret Ikarus86 2023.06.02
1200 PMS caliper 에 대해 여쭤봅니다. [2] secret pjhaaa 2023.05.30
1199 ggGam에 대하여 [2] leesav 2023.05.22
1198 R 에서 PFS 의 confidence interval 을 구하고 싶을 때 어떻게 하면 될까요? [1] ddeeny 2023.05.21
1197 메타분석 관련 문의드립니다 secret 화이팅 2023.05.12
1196 교수님, 새로운 앱 개발 문의드립니다! [4] swpapa 2023.05.08
1195 교수님, 안녕하세요? 전용 앱 관련 문의드립니다! [1] swpapa 2023.05.07
Write Tag