교수님 안녕하십니까? 훌륭한 책과 자료들을 통해 많은 도움을 주셔서 감사합니다.
mytable 을 통해 작업 시간을 획기적으로 줄일 수 있는 것을 보고 감탄을 했습니다. 이것만으로도 R을 쓸 이유가 충분할 것 같습니다.
제가 가지고 있는 데이터에 두 그룹의 baseline characteristics 를 비교하기 위한 table 을 만들고자 교수님이 만들어주신 mytable 을 사용해 보았는데요,
문제는 변수가 factor 인 것은 결측치까지 포함하여 결측치의 수와 비율, 나머지 데이터의 평균, 표준편차를 잘 구해주지만,
변수가 numeric 일 때에는 결측치가 아예 나타나지 않는다는 것입니다.
제가 의도하는 것은 STROBE recommendation 에도 나와있듯이 각 변수들의 결측치의 수를 table 에 표시하면서 결측치를 제외한 나머지 값들의 평균과 표준편차 (또는 중위수와 사분위수) 를 table 로 만들고 싶은 건데요,
혹시 방법이 있을까요? 결측치를 NULL 같은 문자로 바꾸면 numeric 으로 되어 있는 다른 값들도 같이 문자화되어 분석이 안 되는 문제가 있습니다.
또 하나 여쭙고 싶은 점은, 앞서 언급했던 STROBE recommendation 에서는 표준편차나 significance tests 를 descriptive tables 에 사용하지 말 것을 권고하고 있는데 그럼 mytable 에서와 같은 다른 그룹 간의 특성을 비교하고자 하는 통계분석은 후향적연구에서는 배제되어야 하는 건가요? 혹시 이에 대해 교수님께서는 어떻게 생각하시는지 궁금합니다.
많은 도움 주심에 미리 감사의 인사를 드립니다.
Comment 1
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cardiomoon
2017.10.31 19:55
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일단 첫번째 질문에 대한 답은 mytable함수를 쓸 때 show.all=TRUE옵션을 주면 해결됩니다. 다음을 참조하세요
> mytable(sex~.,data=acs,show.all=TRUE)
Descriptive Statistics by 'sex'
_____________________________________________________________________________________________________
Female Male p sig p1 p2 p3 class ptest N
(N=287) (N=570)
-----------------------------------------------------------------------------------------------------
age 68.7 ± 10.7 60.6 ± 11.2 0.000 *** 0.001 0.000 0.000 continuous normal 857
cardiogenicShock 0.136 0.136 2.000 categorical chisq.test 857
- No 275 (95.8%) 530 (93.0%)
- Yes 12 ( 4.2%) 40 ( 7.0%)
entry 0.035 ** 0.035 2.000 categorical chisq.test 857
- Femoral 119 (41.5%) 193 (33.9%)
- Radial 168 (58.5%) 377 (66.1%)
Dx 0.012 ** 0.012 3.000 categorical chisq.test 857
- NSTEMI 50 (17.4%) 103 (18.1%)
- STEMI 84 (29.3%) 220 (38.6%)
- Unstable Angina 153 (53.3%) 247 (43.3%)
EF 56.3 ± 10.1 55.6 ± 9.4 0.387 0.000 0.387 0.053 continuous normal 723
height 153.8 ± 6.2 167.9 ± 6.1 0.000 *** 0.000 0.000 0.000 continuous normal 764
weight 57.2 ± 9.3 68.7 ± 10.3 0.000 *** 0.000 0.000 0.000 continuous normal 766
BMI 24.2 ± 3.6 24.3 ± 3.2 0.611 0.000 0.611 0.471 continuous normal 764
obesity 0.580 0.580 2.000 categorical chisq.test 857
- No 194 (67.6%) 373 (65.4%)
- Yes 93 (32.4%) 197 (34.6%)
TC 188.9 ± 51.1 183.3 ± 45.9 0.124 0.000 0.124 0.145 continuous normal 834
LDLC 117.8 ± 41.2 116.0 ± 41.1 0.561 0.000 0.561 0.465 continuous normal 833
HDLC 39.0 ± 11.5 37.8 ± 10.9 0.145 0.000 0.145 0.011 continuous normal 834
TG 119.9 ± 76.2 127.9 ± 97.3 0.195 0.000 0.195 0.804 continuous normal 842
DM 0.077 * 0.077 2.000 categorical chisq.test 857
- No 173 (60.3%) 380 (66.7%)
- Yes 114 (39.7%) 190 (33.3%)
HBP 0.000 *** 0.000 2.000 categorical chisq.test 857
- No 83 (28.9%) 273 (47.9%)
- Yes 204 (71.1%) 297 (52.1%)
smoking 0.000 *** 0.000 3.000 categorical chisq.test 857
- Ex-smoker 49 (17.1%) 155 (27.2%)
- Never 209 (72.8%) 123 (21.6%)
- Smoker 29 (10.1%) 292 (51.2%)
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