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cph plot

mint 2016.12.14 12:59 Views : 606

바쁘신데 또 질문을 올리게 되었습니다.


제 data 에서 spss cox 로 돌리면 HPA_selection_IgA 라는 변수가 Acute rejection ever 라는 종속 변수에 대하여 통계적으로 유의한 값이 나오는데


다른 변수들을 같이 넣고 cph plot 을 그릴 수 있는지요


require(survival)

require(rms)

Rejection<-with(IgAN, Surv(TPL_to_everAR,Rejection_ever)

fit=coxph(Rejection~rcs(HPA_selection_IgA,4)+Age+Sex+Donor_age+Donor_sex+DSA+Desesntization,data=IgAN) 

이렇게 해보았는데 결과가 나오지 않습니다.


Cox proportional hazard ratio 그림에서 Acute rejection ever 를 outcome 으로 TPL_to_everAR 을 time 으로 해서

HPA_selection_IgA 를 주요 독립 변수로 하고

다른 변수들, Age, Sex, Donor age, Donor sex, DSA, Desentization 등의 다변수 요인으로 보정해서

그래프를 그리려면 어떠한 함수를 사용해야 할 지 고견을 부탁드립니다.


다른 방법으로 

surv<-Surv(IgAN$TPL_to_everAR,IgAN$Rejection_ever)

 

fit<-coxph(surv~pspline(IgAN$HPA_selection_IgA)+IgAN$Age+IgAN$Sex+IgAN$Donor_age+IgAN$Donor_sex+IgAN$TPL_ever+IgAN$DSA+IgAN$Desensitization,data=IgAN)

 

predicted<-predict(fit,type="terms",se.fit=TRUE,terms=1)

 

plot(0,xlab="HPA_selection_IgA",ylab="Hazard Ratio",main="Rejection_ever",type="n",xlim=c(0,100),ylim=c(0,4))


상기처럼 하고는 옆에 표가 x 축 HPA_selection_IgA 로 0 부터 100 까지 뜨고, y 도 Hazard ratio 표시되어 0 부터 4 까지 표시는 되는데

그링믄 안 그려지고


lines(sm.spline(IgAN$APRIL_selection,exp(predicted$fit)),col="black",lwd=0.8) 라고 했는데


Error in tapply(seq(along = y), match(x, ux), function(x, y, w) c(mean(y[x]),  : 

  arguments must have same length 라는 Error 가 뜹니다.

 

어떠한 함수를 사용해야 제가 원하는 것을 그릴 수 있을 지요.