Velvet 출력에서 N50 계산하기

Velvet 출력에서 N50 계산하기시퀀싱 커뮤니티에서는 N50 길이가 어셈블리 품질을 평가하는 유용한 휴리스틱으로 사용됩니다. 아래에 제시된 N50 길이 정의는 직관적이지 않을 수 있지만, N50 길이는 등거나 더 긴 contig들의 합이 전체 contig 길이의 50% 이상이 되는 가장 짧은 contig의 길이입니다.예시를 위해 어셈블리기가 다음과 같은 길이(내림차순)의 contig들을 생성했다고 가정합니다: 91, 77, 70, 69, 62, 56, 45, 29, 16, 4.이들의 합은 519bp이므로, N50 이상인 contig들의 합은 최소 259.5bp이어야 합니다. 계산해 보면 91 + 77 = 168, 91 + 77 + 70 = 238, 91 + 77 + 70 + 69 = 307(충분합니다). 따라서 이 어셈블리의 N50은 69bp입니다.즉, 이 어셈블리의 전체 염기 중 최소 절반은 69bp 이상의 contig에 속합니다.N50 대 N50 길이기술적으로 N50은 그 한계를 넘는 마지막 contig의 순서를 의미합니다(이 예에서는 4, 왜냐하면 69bp가 4번째로 큰 contig이기 때문). 높은 N50은 길이가 더 긴 N50 길이와 반대의 관계를 가집니다. 일부 논문은 N50 길이를 L50이라고 부르지만, 대부분은 “length”를 생략한 채 N50으로 표기합니다. 혼란을 줄이기 위해 N50에 단위를 포함하는 것이 중요합니다.Contig N50 vs Scaffold N50Contig N50과 Scaffold N50은 종종 구분됩니다. Contig은 “연속한 세그먼트”이며, Scaffold(또는 supercontig)은 gap으로 구분된 Contig들로 구성됩니다. Scaffold는 읽기 수준의 paired‑end 정보와 주요 시퀀싱 프로젝트에서는 paired BAC ends를 사용해 구축됩니다. Scaffold 시퀀스는 다양한 수량의 빈 N으로 채워져 있으므로 Scaffold N50은 어셈블리 품질을 비교하는 데만 사용해서는 안 됩니다.Velvet는 합리적인 expCov 설정과 함께 사용할 때 스캐폴딩에 대해 매우 보수적입니다. 따라서 contigs.fa의 N50은 사실상 Contig N50으로 간주할 수 있으며, Scaffold N50과는 구분됩니다. SOAPdenovo와 같은 보다 공격적인 프로그램은 Contig과 Scaffold 파일을 별도로 생성합니다.stats.txt에서 Velvet N50 계산하기Velvet는 짧은 시퀀스용 어셈블러로, De Bru