RSPerl: Perl 안에서 R 사용하기

RSPerl: Perl 내부에서 R 사용하기Perl로 작성하는 부분과 R로 작성하는 부분이 섞여 있는 경우가 많습니다. 때로는 Perl로 R 코드를 작성하고 R을 실행하기도 합니다. 이때 매우 유용한 기능이 바로 RSPerl입니다. RSPerl은 Perl 안에서 R 함수를 호출하고, Perl 변수를 R에서 사용할 수 있게 해 주는 기능을 제공합니다. 또한 R에서 Perl을 호출할 수도 있지만, 그 목적은 제가 잘 모르겠습니다. 제 주된 용도는 Perl로 수행한 작업 결과에 대해 통계 검정을 수행하는 것입니다. 예를 들어, Perl로 patser를 실행해 테스트 시퀀스와 배경 시퀀스에서 위치 가중치 행렬(position weight matrix)에 일치하는 수를 세고, 그 뒤에 RSPerl을 사용해 이항 검정(binomial test, binom.test 함수)으로 p‑값을 계산합니다.설정이 번거로웠습니다. R을 다시 컴파일하고, 필요한 모듈을 적절한 위치에 설치하며, 몇 가지 환경 변수를 설정해야 했기 때문입니다. 하지만 한 번 작동하면 훌륭한 도구가 됩니다. R의 뛰어난 그래픽 기능을 활용해 Perl 변수에 있는 데이터를 이용해 자동으로 그래프를 생성할 수도 있습니다.perl -e 'use R;&R::initR("--silent","--vanilla");&R::eval("r This one plots a histogram of the length of perl scripts!for f in *.pl; do wc -l ${f}|cut -f 1 -d " "; done | perl -ne 's/\n/,/g;print;' |perl -ne 'use R;&R::initR("--silent","--vanilla");chop;&R::eval("hist(c($_),main=\"File Lengths\",xlab=\"Number of Lines\")");sleep 10'RSPerl