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예후예측 점수 만든후 그것으로 survival 예측하는 데에 문제 겪고있습니다.

권혜미 2022.02.08 19:20 조회 수 : 134

안녕하세요 교수님 

항상 많은 도움 주셔서 감사하고

 

특히 최근에 나온 autoReg package를 통해 손쉽게 publication ready 상태로 출력하게 해주셔서 정말 

정말 많은 도움 받았습니다. 또한  어려워서 R로 구현하지 못하고 있었던 Grey test도 가능하게 해주셔서 논문 작성에 많은 도움이 될꺼같습니다. 

 

 

 

제가 최근에 관심 있는건 예후 예측 점수 만들기 인데요. 사실 점수 만드는 거 자체는 cox를 이용하여 하였는데요, 

그 이후 이점수로 survival을 예측할때 필요한 값을 어떻게 추출해야하는지 모르겠습니다. 

 

공부해보니... 

The probability of death at time ‘‘t’’ can be estimated by the equation:

(여기서 CLIF-C ACLF 장소에 다른 예측점수를 넣으려고 하는데요) 

 

인데요, 여기에 적용하기 위해서는 

 

28day, 90day, 180day, 365day각각의 cumulated baseline hazard (CI(t) and the score coefficient(베타(t)가 필요하는데요, 

 

이 CI(t)와 베타 (t)를 어떻게 구해야할까요?

 

제가 구글링해서 떠듬떠듬 만든 코드는 다음과 같습니다. 

 

fit1<-coxph(Surv(SUD,Final_Pt)~new_score, data=abc)

fit1

 

#cumulated baseline hazard estimate

sv0<-survfit(fit1,newdata=data.frame(new_score=0))  <- 이게 맞을까요...?;;

summary(sv0)

 

#28-days

s28<-min(summary(sv0)$surv[summary(sv0)$time<=28]) <- 이게 맞을까요...?;;

s28

#baseline hazard maybe for 28-days is 

CL28<-1-s28

CL28

 
## beta for 28-days
fit28<-coxph(Surv(SUD28,Final_Pt28)~new_score, data=abc)
B28<-fit28$coefficients
 
 
CL28
B28
...
 
개인적 의견으로는 베타를 구하는 방식은 맞는거같은데요,,, cumulated baseline hazard estimate을 구하는 방법이 정말 저게 맞는지 궁금합니다..;
basehaz()이러한 기능도 흔히 쓴다고 하는데 그럼 각각 28day, 90day, 180day, 365day날짜에 맞는 cumulated baseline hazard estimate는 그결과에서 무엇을 봐야하는걸까요...?
 
항상 많은 도움주셔서 감사하고 
이번에도 미리 감사의 말씀 올립니다. 
 
 
 
 
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