PSM, full matching으로 시행하였습니다.
그리고 웹 base R 상에서 반응변수를 설정하고 종류를 survival로 놓고 time을 입력하여 cox proportional hazard model을 이용하여 hazard ratio를 구할 수 있었습니다.
그런데 forest plot은 제시되지 않더군요.
혹시 이러한 PSM full matching 후 가중치를 고려하여 생존 분석을 하고 이에 대한 그래프를 그릴 수 있을까요? 아무리 찾아봐도 답을 얻을 수 없어 여쭈어 봅니다.
nearest matching을 하면 간단하겠지만 N수가 적어서 적합한 PSM 이 잘 안되는 관계로 full matching을 하려고 합니다.
Comment 4
-
cardiomoon
2023.01.10 09:45
-
주니
2023.01.11 12:23
답변 감사드립니다.
그런데 앞에서 어느분이 질문하신것처럼 webrPSM 패키지가 설치가 안되네요. Zelig 패키지를 설치한 후 다시 해도 잘 안되는 것 같습니다.
제 경우는
> install.packages("webrPSM") WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding: https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/ ‘C:/Users/정원준PC/AppData/Local/R/win-library/4.2’의 위치에 패키지(들)을 설치합니다. (왜냐하면 ‘lib’가 지정되지 않았기 때문입니다) Warning in install.packages : package ‘webrPSM’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
이런 에러 메시지가 나오는데 어떻게 하면 좋을까요?
-
cardiomoon
2023.01.11 14:31
webrPSM 패키지는 CRAN에 등록하지 않았습니다. github에서 설치하셔야 합니다.
먼저 devtools 패키지를 설치하신후 설치하셔야 합니다. 다음 명령어를 사용하세요
install.packages("devtools")
devtools::install_github("cardiomoon/webrPSM")
-
주니
2023.01.30 12:45
친절한 답변 감사드립니다. 제가 문외한이라 그런지 모르겠으나 말씀해주신대로 시행하였음에도
> devtools::install_github("cardiomoon/webrPSM") Downloading GitHub repo cardiomoon/webrPSM@HEAD Skipping 1 packages not available: Zelig ── R CMD build ────────────────────────────────────────────────────────── ✔ checking for file 'C:\Users\Jeong won joon\AppData\Local\Temp\RtmpuIEBRR\remotes6640323c5670\cardiomoon-webrPSM-440cf3f/DESCRIPTION' ─ preparing 'webrPSM': ✔ checking DESCRIPTION meta-information ... ─ checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts ─ checking for empty or unneeded directories ─ building 'webrPSM_0.2.0.tar.gz' ‘C:/Users/Jeong won joon/AppData/Local/R/win-library/4.2’의 위치에 패키지(들)을 설치합니다. (왜냐하면 ‘lib’가 지정되지 않았기 때문입니다) * installing *source* package 'webrPSM' ... ** using staged installation ** R ** data *** moving datasets to lazyload DB ** byte-compile and prepare package for lazy loading Error: object 'get_qi' is not exported by 'namespace:Zelig' Execution halted ERROR: lazy loading failed for package 'webrPSM' * removing 'C:/Users/Jeong won joon/AppData/Local/R/win-library/4.2/webrPSM' Warning message: In i.p(...) : 패키지 ‘C:/Users/JEONGW~1/AppData/Local/Temp/RtmpuIEBRR/file66403aa21c9c/webrPSM_0.2.0.tar.gz’의 설치가 0이 아닌 종료상태를 가졌습니다
이와 같은 메시지가 나오며 설치가 진행되지 않습니다. 혹시 다른 방법이 있는지 부탁드립니다.
항상 감사드립니다.
zelig는 설치하였습니다.
No. | Subject | Author | Date |
---|---|---|---|
1254 | moonbook package mycsv 관련 오류 문의드립니다. [2] | qwetyui | 2023.11.30 |
1253 | logistic regression 명령어 문의드립니다. [2] | 로렌쵸메디치 | 2023.11.22 |
1252 | spss 파일 불러오기. [1] | 통계린 | 2023.11.22 |
1251 | PSM 매칭변수 숫자 관련 문의입니다. [1] | 오하나 | 2023.11.22 |
1250 | Multiple imputation 관련 질문 및, age adjusted incidence rate 관련 질문을 드립니다. | YSKBH | 2023.11.15 |
1249 | semMediation 설치 재문의드립니다 [3] | 마술샘 | 2023.11.11 |
1248 | 안녕하세요. 정회원 문의 [1] | lionking | 2023.11.06 |
1247 | PSM 관련 질문드립니다. | dr. | 2023.11.05 |
1246 | ggplot [1] | 통계린 | 2023.10.30 |
1245 | 정회원 [1] | 통계린 | 2023.10.29 |
1244 | PSM 관련 질문 드립니다. [2] | 로렌쵸메디치 | 2023.10.25 |
1243 | forest plot 그림이 전체가 다 나오지 않습니다. [1] | joyguni | 2023.10.08 |
1242 | PSM caliper default 값 관련 문의드립니다. [1] | Ooppps | 2023.10.05 |
1241 | reliability test tool,,, [1] | FAdavid | 2023.10.05 |
1240 | 정회원 가입 확인 요청드립니다. [1] | osman | 2023.10.03 |
1239 | 생존분석, cox 회귀 관련 기초적인 질문 입니다. | 만니톨 | 2023.09.27 |
1238 | Twang-mnps에서 매칭된 데이터를 추출하는 방법 좀 알려주세요 | Dorocy | 2023.09.26 |
1237 | 영수증 발급을 부탁드립니다. [1] | 규빈어멈 | 2023.09.26 |
1236 | 정회원 확인 [2] | lionking | 2023.09.24 |
1235 | autoReg 에러 문의드립니다 [1] | 소소 | 2023.09.23 |
안녕하세요? 답변이 늦어 죄송합니다.
full matching후 K-M curve는 survfit 함수를 이용해 그리면 됩니다. 다음 예를 참조하셔요
library(webrPSM) #For exData
library(MatchIt)
library("survival")
mF <- matchit(A ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 +
X6 + X7 + X8 + X9, data = exData,
method = "full", estimand = "ATT")
md=match.data(mF)
#Cox Regression for marginal HR
coxph(Surv(Y_S) ~ A, data = md, robust = TRUE,
weights = weights, cluster = subclass)
## K-M curve
fit=survfit(Surv(Y_S) ~ A, data = md)
plot(fit)
fit2=survfit(Surv(Y_S) ~ A, data = md,weights=weights)
plot(fit2)
library(autoReg)
adjustedPlot(fit,xnames="A")
adjustedPlot(fit2,xnames="A")
adjustedPlot(fit2,xnames="A",se=TRUE)