안녕하세요. 교수님.
로지스틱 회귀분석 중 교수님께 여쭙고 싶은 내용이 있어서 질문을 올립니다.
1.
| Estimate | Std. Error | z value | Pr(>|z|) | OR | lcl | ucl | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (Intercept) | -3.1239 | 0.3416 | -9.15 | 0.0000 | 0.04 | 0.02 | 0.08 |
여기서 종속 변수는 0 또는 1로 코딩되어있으며,
Age 는 연속형 변수, AT_PN 은 0 또는 1로 코딩되어 있는 명목형 변수입니다.
표에서 95% CI 는 0.05-0.98 로 구간이 1 을 포함하지 않고 있는데 Pr(>|z|) value 는 0.073 으로 0.05 보다 큰 것 같습니다.
이 변수 뿐만 아니라 몇몇 변수에서 동일한 결과를 보이고 있는데,
혹시 이 경우에는 결과를 어떻게 해석을 해야 하는지 궁금합니다.
Pr(>|z|) cut-off 를 0.05 가 아닌 다른 수치로 봐야하는 것인지.. 혹은 lcl-ucl 이 95% CI 가 아닌 것인지 궁금합니다.
2.
추가적으로 한가지만 더 답변해주시면 정말 감사드리겠습니다.
위 분석은 "2차 치료까지 필요할 정도로 질환이 recalcitrant 하였는지 여부"를 종속 변수로 둔 것인데,
AT_PN 이라는 finding 여부의 영향을 age 를 covariate 로 하여 adjusting 하고자 합니다.
그렇다면 위 방법처럼 로지스틱 회귀 분석에 AT_PN 및 age 두 변수만 놓고 돌리면 틀린 것은 없는 것인지요?
현재 Stepwise regression 옵션은 풀고 multiple regression 투입 p value 을 1 로 설정하여 두 변수에 의한 회귀 결과가 강제로 나오도록 하여 분석하고 있습니다.
항상 감사드립니다.
Comment 12
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스튜던트
2017.09.15 23:10
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cardiomoon
2017.09.15 23:38
웹R에서 OR 계산하는 부분을 다시 검토해보고 글 올리겠습니다.
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천감기
2017.09.15 23:42
1. 번에 대해서는 원자료로 한번 분석해보고 싶어지네요..일반적인 결과가 아니므로 착오 등이 있지는 않은지 궁금합니다.
2. 에 대해서 일반 위의논지는 맞습니다 age를 보정한 APPN의 여향을 보려고 하는.....
그런데 다른 질문이 생기죠?
왜. 성별 다른 변수는 아닌 나이만 분석했느냐?
나이만이 중요하냐...
그러므로 일반적으로 여러 변수를 투입해서 단변수분석부터 하면서 변수들을 제거해가는 방식으로 하죠.
cutㅡoff를 1로했다는 것은 stepwise 등 하지 않고 그냥 enter했다는 뜻인것 같네요. 그렇게 하기도하고 특히 변수가 작을 때 일 때 조금더 유리하죠.
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cardiomoon
2017.09.16 11:05
로지스틱 회귀분석에서 회귀계수의 신뢰구간
로지스틱 회귀분석에서 신뢰구간을 구하는 것은 다음에 따릅니다. 원 자료가 없으므로 survival 패키지의 colon 데이터를 예로 들겠습니다.
require(survival)Loading required package: survivalcolon<-na.omit(colon) result=glm(status~rx+sex+age+obstruct+perfor,family=binomial,data=colon) summary(result)Call: glm(formula = status ~ rx + sex + age + obstruct + perfor, family = binomial, data = colon) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.4485 -1.1949 -0.9553 1.1368 1.4223 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) 0.346152 0.262470 1.319 0.187 rxLev -0.091277 0.116251 -0.785 0.432 rxLev+5FU -0.619551 0.118099 -5.246 1.55e-07 *** sex -0.102240 0.096405 -1.061 0.289 age -0.002325 0.004052 -0.574 0.566 obstruct 0.197600 0.122820 1.609 0.108 perfor 0.367541 0.284735 1.291 0.197 --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 2461.7 on 1775 degrees of freedom Residual deviance: 2423.3 on 1769 degrees of freedom AIC: 2437.3 Number of Fisher Scoring iterations: 4오즈비 및 신뢰구간
오즈비 및 신뢰구간은 다음과 같이 구할수 있습니다.
# Odds ratio exp(coef(result))(Intercept) rxLev rxLev+5FU sex age obstruct 1.4136174 0.9127645 0.5381858 0.9028127 0.9976777 1.2184750 perfor 1.4441789# confidence Interval exp(confint(result))Waiting for profiling to be done...2.5 % 97.5 % (Intercept) 0.8455328 2.3671160 rxLev 0.7266781 1.1463109 rxLev+5FU 0.4266480 0.6779222 sex 0.7472524 1.0904893 age 0.9897779 1.0056315 obstruct 0.9580619 1.5510076 perfor 0.8311164 2.5534969웹 R에서 odds ratio의 계산
웹R에서 odds raio의 계산은 위의 공식을 따릅니다. 다음과 같은 함수를 만들어 계산합니다.
require(moonBook)Loading required package: moonBookextractORfunction (x, digits = 2) { suppressMessages(a <- confint(x)) result = data.frame(exp(coef(x)), exp(a)) result = round(result, digits) result = cbind(result, round(summary(x)$coefficient[, 4], 4)) colnames(result) = c("OR", "lcl", "ucl", "p") result } <environment: namespace:moonBook>extractOR(result)OR lcl ucl p (Intercept) 1.41 0.85 2.37 0.1872 rxLev 0.91 0.73 1.15 0.4323 rxLev+5FU 0.54 0.43 0.68 0.0000 sex 0.90 0.75 1.09 0.2889 age 1.00 0.99 1.01 0.5661 obstruct 1.22 0.96 1.55 0.1076 perfor 1.44 0.83 2.55 0.1968회귀계수로부터 manual 로 계산하기(1)
회귀모형 중 마지막 설명변수인 perfor에 대해 손으로 계산해보겠습니다.
(res=0.3675+c(-1,1)*1.96*0.2847)[1] -0.190512 0.925512exp(res)[1] 0.8265358 2.5231598손계산이 정확한가?
- 여기서 회귀계수인 0.3675에서 표준에러의 1.96배를 빼준 것인데 1.96이라는 숫자는 모형의 선형가정이 맞다고 볼때 자료의 갯수가 많아지면 t분포에 따르고 1.96에 수렴하기 때문입니다. sample size가 작을 경우 1.96보다 커집니다. 정확하게는 장도에 따라 달라지는데 이 경우 자유도가 1769이므로 다음과 같이 계산됩니다.
qt(0.975,1769)[1] 1.961306즉 1.96보다는 약간 커집니다.
- 또한 회귀계수를 소수점 4자리에서 반올림하여 계산한 것과 싵제 값은 차이가 있습니다.
회귀계수로부터 manual 로 계산하기(2)
따라서 회귀계수의 계산을 반올림 없이 하면 다음과 같이 됩니다.
res2=summary(result)$coef[7,1]+c(-1,1)*qt(0.975,1769)*summary(result)$coef[7,2] res2[1] -0.1909117 0.9259936exp(res2)[1] 0.8262055 2.5243751역시 confint함수로 계산한 것과는 0.03 정도 차이가 나게 됩니다.
샘플 수가 적은 경우(자유도가 적은 경우) confint()함수로 계산한 것과 손으로 반올림해서 계산한 것은 차이가 날수 있을 것 같습니다. 이경우 자유도가 얼마죠?
자료를 올려봐주시면 검토하는데 도움이 되겠습니다. 스튜던트님 천감기님 같이 검토 부탁드립니다.
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SOL
2017.09.16 14:04
파일 업로드 하였습니다. 일부 민감한 정보를 제외한 raw data 를 업로드 하였습니다.
Recalcitrant ~ (Age + ) Type, Recalcitrant ~ (Age + ) AT_PN 에서 동일한 이슈가 발생하였습니다.
많은 선생님들께 감사드립니다.
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스튜던트
2017.09.17 00:38
SOL님이 올려주신 95% 신뢰구간을 가지고 역으로 추정해보니,
AT_PN 모델에서는 표준오차에 1.96을 곱한게 아니라 1.76을 곱하였네요..
원래자료는 자유도가 약 270개 정도 되기 때문에
n수가 부족해서 나타나는 현상은 아닌 것 같고,
아마 문교수님이 말씀하신 것 처럼 비선형 회귀분석이기 때문에 발생하는
현상 같아요.
이건 좀 더 찾아봐야 겠습니다. 알게되면 다시 글 올리겠습니다
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cardiomoon
2017.09.17 13:05
일단 올려주신 자료를 R에서 로지스틱회귀분석을 해 보았습니다.
data=read.csv("Downloads/Coding_for_upload.csv",stringsAsFactors = FALSE) fit=glm(Recalcitrant~Age+AT_PN,family=binomial,data=data) summary(fit)Call: glm(formula = Recalcitrant ~ Age + AT_PN, family = binomial, data = data) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.6841 -0.4841 -0.3443 -0.3014 2.7659 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.12392 0.34158 -9.145 < 2e-16 *** Age 0.05467 0.01120 4.882 1.05e-06 *** AT_PN -1.33523 0.74500 -1.792 0.0731 . --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 199.26 on 280 degrees of freedom Residual deviance: 173.00 on 278 degrees of freedom AIC: 179 Number of Fisher Scoring iterations: 5회귀계수의 신뢰구간
confint(fit)Waiting for profiling to be done...2.5 % 97.5 % (Intercept) -3.84284465 -2.49633775 Age 0.03342183 0.07768483 AT_PN -2.99254309 -0.01690978오즈비
confint(fit)Waiting for profiling to be done...2.5 % 97.5 % (Intercept) -3.84284465 -2.49633775 Age 0.03342183 0.07768483 AT_PN -2.99254309 -0.01690978exp(confint(fit))Waiting for profiling to be done...2.5 % 97.5 % (Intercept) 0.02143255 0.08238617 Age 1.03398662 1.08078198 AT_PN 0.05015971 0.98323239웹 R의 방법
require(moonBook)Loading required package: moonBookextractOR(fit)OR lcl ucl p (Intercept) 0.04 0.02 0.08 0.0000 Age 1.06 1.03 1.08 0.0000 AT_PN 0.26 0.05 0.98 0.0731이상 웹R의 방법이 문제가 없는 것은 확인하였습니다.여기서 문제는 회귀계수의 신뢰구간이 손으로 계산한것과 다르다는 것입니다. 왜 그럴까요? AT_PN의 경우 회귀계수 -1.33523 이고 표준오차가 0.74500 이므로 다음과 같습니다.
fit$coef[3]+c(-1,1)*qt(0.975,df=278)*summary(fit)$coef[3,2][1] -2.801793 0.131329이 값은 다음과 차이가 많이 납니다.
confint(fit)Waiting for profiling to be done...2.5 % 97.5 % (Intercept) -3.84284465 -2.49633775 Age 0.03342183 0.07768483 AT_PN -2.99254309 -0.01690978이 문제는 조금 더 찾아보고 다시 글 올리겠습니다.
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스튜던트
2017.09.17 19:01
답을 찾은 것 같네요. 저도 교수님 처럼 붙여넣기 하고 싶은데
수식이있다 보니 깨져서 나옵니다..
http://rpubs.com/KOSUNGWOO/308829
여기에 가서 보시거나, 첨부 파일을 읽어보시면 됩니다
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cardiomoon
2017.09.17 20:56
스튜던트님 잘 보았습니다. 그러면 가능도비로 p값을 구하려면 어떻게 해야 하나요?
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스튜던트
2017.09.17 22:31
model2<-glm(Recalcitrant~Age,data = sov,family = binomial)# model1과 비교하기위해 AT_PN변수를 뺀 model2를 적합하였음library(lmtest)lrtest(model2,model1)이렇게 구하거나,anova(model2,model1,test = "LRT")이렇게 하면 AT_PN 계수에 대한 가능도비 검정의 p-value를 구할 수 있습니다.만족할만한 대답이 되었는지는 모르겠습니다만 ㅠㅠ -
천감기
2017.09.17 21:41
coeff b s.e. Wald p-value exp(b) lower upper Intercept -3.12392 0.341588 83.63607 5.95E-20 0.043984 AT_PN -1.33523 0.745038 3.211856 0.073107 0.263097 0.061086 1.133167 Age 0.054675 0.011201 23.82864 1.05E-06 1.056197 1.033264 1.07964 위의 것은 엑셀에서 구한 것이고요,
Variables in the Equation
95.0% C.I.for EXP(B)
B S.E. Wald df Sig. Exp(B) Lower Upper
Step 1a Age .055 .011 23.829 1 .000 1.056 1.033 1.080
AT_PN -1.335 .745 3.212 1 .073 .263 .061 1.133
Constant -3.124 .342 83.636 1 .000 .044
a. Variable(s) entered on step 1: Age, AT_PN.요건 SPSS에서 구한 것입니다.
일단 R에서 구한 것과는 다른 값을 제시하고 있고
엑셀과 SPSS는 같은 값을 보여 주네요.
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SOL
2017.09.20 11:26
제가 모르는 별천지의 이야기라서 이해를 하지는 못하였지만 많이 찾아봐주시고 도움 주신 선생님들께 감사드립니다.
| No. | Subject | Author | Date |
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[1]  | 김승욱 | 2015.03.26 |
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[4] | 장진희 | 2015.04.08 |
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| 1263 |
패키지가 잘 설치되지 않아 문의드립니다!
[3] | Grant | 2015.04.10 |
| 1262 |
web-r.space 계정 요청입니다.
[2]  | 김브링이 | 2015.04.12 |
| 1261 | Venus 서버 파일 업로드 방법 문의입니다. [5] | 김브링이 | 2015.04.12 |
| 1260 | 이런 경우는 어떻게 해석해야 하는지요? [3] | orthojang | 2015.04.17 |
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| 1257 | 웹R 에서 데이터선택 에러 [1] | 화모기 | 2015.04.22 |
| 1256 | [행사] R User Conference in Korea 2015 | fermat39 | 2015.04.22 |
| 1255 |
file 업로드 오류 관련 질문닙니다.
[1] | 미소천사 | 2015.04.27 |
1.AT_PN 의 회귀계수(-1.3352)와 표준오차(0.7450) 이 맞게 구해졌다는 가정하에, 오즈비의 95% 신뢰구간을 구해보면
exp(-1.3352-1.96*0.7450), exp(-1.3352+1.96*0.7450) -> (0.06,1.13) 으로 나옵니다. 오즈비가 1을 포함하므로
유의한 설명변수가 아니라며, 이는 p-value가 0.05보다 큰 것과 일치 합니다.
아마도 올리주신 표에 오즈비의 신뢰구간이 잘못 기재되었거나, 잘못 계산된것으로 보입니다
2. 네. 위의 회귀식을 해석하면, '나이가 일정할때, AP-PN이 1일때 recalcitrant가 일어날 오즈는 AP-PN이 0일때 비하여 0.26배다'가 됩니다